计算工具地图抗生素耐药性细菌转移

由诺丁汉大学的科学家开发的开创性软件结合了DNA测序和机器学习，以帮助他们在人betway88体育官网类，动物和环境之间传播抗生素耐药细菌的位置以及在何种程度上。

由大学兽医医学与科学学院和未来食品信标领导团队的塔尼亚·多托里尼（Tania Dottorini）博士领导的一项研究（1）基于中国的一个大型商业家禽农场，这是一个强烈的农业环境的一个例子作为抗菌抗菌细菌和抗菌耐药基因的潜力。

From 154 samples taken from animals, carcasses, workers and their households and environments, the scientists were able to isolate the bacteria Escherichia coli (E. coli), which can live quite harmlessly in a person’s gut, but can also be pathogenic and carry resistance genes against certain drugs, possibly resulting in stomach cramps, diarrhoea and vomiting.

然后使用新的计算方法来表征农场中发现的不同类型的病原体。他们发现，在动物，农场工人及其周围的环境中共享的致病性和非致病细菌中都存在抗菌基因（赋予抗生素抗药性的基因）。值得注意的是，该网络包括已知会引起抗生素耐药性以及与抗生素耐药性相关的未知基因的基因。

Dottorini博士说：“我们不能说在细菌起源的阶段，我们只能说我们找到了它，并且已经在动物和人类之间共享。正如我们已经知道的那样，这令人担忧，因为人们可以通过两种不同的方式获得对药物的抵抗 - 从与动物的直接接触，或间接通过吃受污染的肉。这可能是家禽种植中的一个特殊问题，因为它是世界上使用最广泛的肉类。

“我们开发的计算工具将使我们能够分析来自不同来源的大型复杂数据，同时识别某些细菌的热点可能在哪里。它们很快，精确，可以应用于大型环境（例如 - 同时）。

“我们已经知道了许多抗菌素抗药性基因，但是我们如何超越这些基因并揭示新的靶标本来设计新药呢？

这项研究是与中国国家食品安全风险评估中心（CFSA）的Junshi Chen，Fengqin Li教授和Zixin Peng教授合作进行的。这项研究得到了诺丁汉大学未来食品灯塔主任戴维·萨尔特（David Salt）的支持。

发表在PLOS计算生物学上

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